念珠菌属定植：一种在血液培养中发现的基因型来源，可能广泛传播。

摘要

我们的先前基因分型研究表明，一些解剖位置可能作为基因型的储存库，可能导致进一步的念珠菌血症，因为我们在胃肠道或导管尖端分离物和血液培养中发现了相同的基因型，而在阴道样本中没有发现血液培养基因型。我们观察到，一些基因型在血液培养中比其他基因型更常见，其中一些被称为广泛分布的基因型，因为它们在不同医院的无关患者中被发现。广泛分布的基因型可能更常见，因为它们更容易导致念珠菌血症。目前尚不清楚是否可以通过这种方式检测到胃肠道以外其他解剖部位的基因型；我们研究了定植的白色念珠菌、近平滑念珠菌和热带念珠菌的基因型，以评估其中有多少比例可以在血液培养中找到，以及广泛分布的基因型的比例。本文研究的分离物（来自323名患者的640个念珠菌分离物）是从2016年7月1日至2019年6月30日期间在西班牙马德里Gregorio Marañón医院的临床微生物学和传染病科处理的样本中获得的。白色念珠菌（n=486）、近平滑念珠菌（n=94）和热带念珠菌（n=60）分离物使用物种特异性微卫星标记进行基因分型，并来自血液（n=120）和定植的解剖部位（n=520；导管[n=50]、下呼吸道[n=227]、皮肤/粘膜[n=132]和泌尿道[n=111]）。具有相同基因型的分离物是在所有标记中呈现相同等位基因或仅在给定标记的一个位点上有差异的分离物。相同的基因型进一步分类为匹配（在给定患者的不同样本组中发现相同的基因型）或簇（在≥2名患者中发现相同的基因型）。最后，单例是仅检测到一次的基因型。然后将发现的基因型与我们内部数据库中包含的587个来自Gregorio Marañón医院（2007-2023年）患者的血液基因型进行比较，以评估在定植样本中发现的基因型在血液培养中也被发现的比例。此外，由于我们内部数据库中的一些基因型已被标记为广泛分布的基因型，我们使用标准二项式方法比较了广泛分布的基因型比例，以及在仅定植基因型、仅血液培养基因型和同时定植和血液培养基因型中发现的匹配、簇和簇中涉及的患者的比例。仅对那些来自给定物种的≥2个分离物的患者（n=225；69.7%）进行了患者内分析；在仅定植患者中，匹配患者的比例低于患有念珠菌血症和定植基因型的患者（87.3% vs. 94.1%；p = 0.126）。患者间分析考虑了所有患者（n=323）和来自组1、2和3的分离物（n=640）。总体而言，我们检测到341个基因型，其中320个是单例，21个是簇（6.16%）。涉及血液培养和来自导管尖端（14.6%）、皮肤和粘膜（7.5%）、尿液（7.4%）和下呼吸道（4.6%）的定植分离物的簇。涉及簇的患者没有在同一时间被收治在同一病房。在290个定植基因型中，91个（31.1%）也在血液培养中发现，其中近平滑念珠菌的比例最高（p < 0.05）；在血液培养和导管尖端中发现的相同基因型的比例高于在血液培养和其他定植样本中发现的比例（79.2% vs. 26.7%；p < 0.001）。在血液和定植样本中发现的基因型中，广泛分布的基因型比例显著高于仅在血液培养或其他定植基因型中发现的比例（31.9% vs. 7.1% vs. 3.7%；p < 0.001）。我们观察到，94%的念珠菌血症患者被定植的基因型引发感染；同样，31%的定植基因型在血液培养中可检测到。最后，在定植样本和血液培养中发现的相同基因型更有可能是广泛分布的。