来自西班牙裔/拉丁裔患者队列的结直肠癌综合多组学分析

这篇论文题为“整合多组学分析：来自西班牙裔/拉丁裔患者队列的结直肠癌（CRC）”，旨在通过对67名西班牙裔和拉丁裔患者的结直肠癌样本进行全面的基因组规模分析，探讨该群体中结直肠癌的生物学和遗传基础。研究的主要目的是揭示西班牙裔和拉丁裔群体中结直肠癌的分子特征，并与非西班牙裔白人（NHW）群体进行比较，以期为精准医学治疗提供依据。

研究背景和重要性：结直肠癌是导致癌症相关死亡的主要原因之一，尤其在西班牙裔和拉丁裔社区中存在健康差异。尽管筛查项目和治疗方法的改进降低了结直肠癌的总体负担，但这些进展并未在所有人口群体中均匀体现。西班牙裔和拉丁裔作为美国最大且增长最快的少数群体，仍然面临结直肠癌发病率和预后方面的差异。研究表明，这些差异与遗传相似性和肿瘤的特定分子特征有关。然而，现有的研究大多基于非西班牙裔白人个体的数据，缺乏对西班牙裔和拉丁裔群体的全面分子特征描述。

研究方法：研究采用了DNA外显子测序和RNA测序技术。DNA外显子测序用于检测体细胞突变、体细胞拷贝数变异和遗传相似性，而RNA测序用于分析差异基因表达、细胞通路和基因融合。研究还使用了1000基因组计划中的秘鲁利马样（1KG-PEL-like）群体作为遗传相似性参考。通过与公共数据库中的非西班牙裔白人群体数据进行比较，研究评估了22个重要的CRC基因突变、8个基因扩增和25个CRC基因融合。

研究结果：研究发现，24%的结直肠癌病例为高突变型，这些病例主要发生在具有1KG-PEL-like遗传相似性的年轻患者中（<50岁）。在非高突变型肿瘤中，约55%的结肠癌和58%的直肠癌表现出相似的基因组改变模式和1KG-PEL-like比例。研究还发现，SMAD4基因突变在样本中频繁出现，且这些样本的1KG-PEL-like比例最高（63%）。在8个可药物靶向的基因扩增中，PIK3CA和PI3K的1KG-PEL-like平均比例超过55%。在25个相关的CRC基因融合中，ALK、FGFR1、RAF1和PTPRK等基因可作为靶点，其中PTPRK在1KG-PEL-like比例最高的样本中观察到（95%）。此外，研究通过整合分析检测到WNT、TGFB、TP53、IGF2/PI3K和RTK/RAS通路中的反复改变，这些改变主要发生在具有高1KG-PEL-like的年轻患者中。

研究贡献：本研究通过揭示西班牙裔和拉丁裔群体中结直肠癌的分子特征，推动了该群体的分子谱研究。研究结果表明，遗传相似性在理解结直肠癌发生机制中具有重要作用，并为精准医学治疗提供了潜在的方向。研究强调了在未被充分代表的群体中定制精准医学治疗的潜力，并为癌症健康差异研究提供了新的视角。

术语解释：

• 体细胞突变：指在体细胞中发生的基因突变，不会遗传给后代。
• 体细胞拷贝数变异（SCNA）：指基因组中某些区域的拷贝数发生变化，可能导致基因表达水平的改变。
• 差异基因表达（DGE）：指在不同条件下基因表达水平的差异，通常用于识别与特定生物过程相关的基因。
• 基因融合：指两个不同基因的部分序列结合在一起，可能导致异常蛋白质的产生。

通过本研究，作者为西班牙裔和拉丁裔群体的结直肠癌分子特征提供了新的见解，强调了遗传相似性在癌症发生机制中的重要性，并为未来的精准医学研究奠定了基础。