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下一代证据:用于快速临床指南更新的高精度信息检索

原标题:Next Generation Evidence: High-Precision Information Retrieval for Rapid Clinical Guideline Updates

F. BorchertP. WullenweberA. OeserN. KreuzbergerT. KargeT. LangerN. SkoetzL. H. WielerM.-P. SchapranowB. Arnrich

medRxiv (2024)

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关键词

自动语义索引
生物医学文献
系统评价自动化
临床试验
自然语言处理
实体识别
实体标准化
医学搜索引擎
数据集成
临床指南

摘要

将新的医学证据转化为临床实践的延迟阻碍了患者获得最佳可用治疗方法。我们的数据显示,从人类研究的启动到其被纳入临床指南,平均延迟为九年,其中试验发表到指南更新之间损失了1.7到3.0年。这些延迟的很大一部分源于更新临床指南的缓慢、手动过程,这些过程依赖于耗时的证据综合工作流程。下一代证据(NGE)系统通过利用最先进的生物医学自然语言处理(NLP)方法来应对这一挑战。这个新颖的系统整合了多种证据来源,如临床试验报告和数字指南,能够自动化、数据驱动地分析研究结果用于指导临床实践所需的时间。NGE系统通过采用专门为指南维护量身定制的精确聚焦文献检索过滤器,加速了指南更新。在对比两项德国肿瘤学指南时,这些过滤器在识别指南更新的关键出版物方面表现出卓越的精确性。通过简化证据综合,NGE有潜力提供更快速的更新,提高指南的响应能力,并增强患者获得最先进治疗的机会。

AI理解论文

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该文档主要介绍了一种名为**Next Generation Evidence (NGE)**的系统,该系统旨在加速临床指南的更新过程,以便更快地将新的医学证据转化为临床实践。以下是对该文档的详细总结:

1. 背景与动机

文档指出,将新的医学证据转化为临床实践的过程存在显著的延迟,这主要是由于临床指南更新过程中的手动和耗时的证据综合工作流程。研究显示,从人类研究开始到其被纳入临床指南平均需要九年,其中1.7至3.0年是在试验结果发表与指南更新之间的延迟。为了应对这一挑战,NGE系统利用了最先进的生物医学自然语言处理(NLP)方法,以实现自动化和数据驱动的分析。

2. 系统概述

NGE系统通过集成多种证据来源(如临床试验报告和数字化指南),实现了高精度的信息检索。该系统的核心在于其精确聚焦的文献搜索过滤器,这些过滤器专门为指南维护而设计。通过这种方式,NGE系统能够加速指南更新,提高指南的响应速度,并改善患者对最新治疗方法的获取。

3. 方法与技术

文档详细描述了NGE系统的数据集成方法。系统通过**提取-转换-加载(ETL)**流程处理来自不同来源的数据,并将其存储在关系数据库中。具体来说,系统集成了以下数据源:

  • 临床指南:使用NLP组件从数字化指南中提取结构化信息。
  • PubMed中的随机对照试验(RCT)报告:自动提取与PICO(Population, Intervention, Comparison, Outcome)元素相关的信息。
  • ClinicalTrials.gov中的注册临床试验:通过AACT数据库访问。
  • CIViC知识库:作为精准肿瘤学知识库,用于癌症变异的临床分类。

4. 自然语言处理组件

NGE系统利用了多种NLP技术来处理和分析文本数据:

  • 命名实体识别(NER):识别临床指南中的发现、物质和程序。
  • 命名实体标准化(NEN):将提到的实体标准化为统一医学语言系统(UMLS)概念。
  • PICO标记:识别Medline摘要中的所有PICO范围。

5. 实验与评估

文档中提到,NGE系统在两个德国肿瘤学指南上的基准测试中,展示了其在识别指南更新关键出版物方面的卓越精度。通过简化证据综合过程,NGE系统有潜力提供更快速的更新,改善指南的响应能力,并增强患者对最先进治疗的获取。

6. 贡献与意义

NGE系统的主要贡献在于其创新的数据驱动方法,通过自动化和高精度的信息检索,显著减少了临床指南更新的时间。这不仅提高了指南的及时性,还为患者提供了更快的最佳治疗选择。

7. 结论

文档最后总结道,NGE系统通过整合多种证据来源和先进的NLP技术,为临床指南的快速更新提供了一个有效的解决方案。该系统的应用不仅能加速新医学证据的转化,还能提高临床决策的质量和效率。

通过以上总结,读者可以全面理解该文档的内容、方法和贡献。NGE系统的开发和应用展示了如何利用现代技术来解决医学领域中的实际问题,具有重要的实践意义和应用前景。

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