SeqLengthPlot：一个易于使用的基于Python的工具，用于可视化和检索fasta文件中的序列长度，并具有可调的分割点。

该文档介绍了一种名为SeqLengthPlot.py的Python脚本工具，旨在改进FASTA文件中序列长度的分析和可视化。以下是对该文档的详细总结：

背景与动机

在基因组学和蛋白质组学中，准确的序列长度分析至关重要。现有工具如SeqKit和Trinity工具包提供了一些基本的序列统计功能，但在综合分析和绘图选项方面存在不足。例如，SeqKit能够快速提供序列分析的基本指标（如序列数量、平均长度、最小和最大长度），但无法同时返回两侧的序列长度范围。Trinity的工具则提供了详细的contig长度分布（如N50、中位数和平均长度），但不包括序列总数，也不提供数据的图形表示。因此，SeqLengthPlot的开发旨在填补这些工具在序列长度分析中的空白。

工具描述

SeqLengthPlot.py是一个易于使用的Python脚本，专为增强序列长度分析而设计。该脚本从FASTA文件中处理序列数据，以对转录本长度进行分类和分析。它生成指定阈值以上和以下的转录本长度的直方图，并提供这些分布的统计摘要。

• 输入处理：脚本从指定的核苷酸或蛋白质FASTA文件中读取序列。
• 输出目录管理：默认情况下，输出文件保存在与输入FASTA文件相同的目录中。
• 长度阈值：序列根据脚本中设置的长度阈值（默认200个碱基对）进行分类。
• 图表生成：生成序列长度的直方图，并导出为线性和对数刻度的图表。
• 统计输出：计算并保存输入和结果FASTA文件的序列长度统计信息。

应用

SeqLengthPlot特别适用于以下方面的评估：

• 转录组序列长度截止准确性：评估使用RNAseq组装器（如Trinity）时所用标准截止长度的准确性。
• ORF和肽段长度的探索：分析由Transdecoder或其他工具生成的ORF的出现和分布。

兼容性、安装和依赖

该工具兼容Unix和Windows操作系统。运行SeqLengthPlot.py需要安装Python及其库：matplotlib、Biopython和Pathlib。

推荐实施步骤

1. 下载脚本：从GitHub下载SeqLengthPlot.py脚本，并将其放置在包含输入FASTA文件的文件夹中。
2. 设置参数：
   • 定义路径：修改脚本中的输入FASTA文件路径。
   • 定义序列长度：设置所需的长度截止值。
   • 可选参数：更改输出路径或禁用交互式图表显示。
3. 运行脚本：在终端或命令提示符中导航到包含SeqLengthPlot.py的文件夹，然后执行脚本。

输出文件

• 直方图图表：生成四个PNG文件，显示序列长度的直方图。
• FASTA文件：根据长度阈值将序列分为两部分，并分别输出为FASTA文件。
• 统计摘要：生成一个文本文件，包含输入FASTA的序列长度详细统计信息。

结论

SeqLengthPlot.py将多种功能整合到一个高效的平台中，使其成为增强FASTA文件序列长度分布评估的有用工具，包括绘图、过滤和自动序列检索。

贡献与可用性

该工具通过提供综合统计摘要、过滤和自动序列检索，填补了现有生物信息学工具在序列长度分析中的空白。SeqLengthPlot的详细管道可在GitHub上获取，并在Mendeley Data存储库中提供了额外的数据集作为使用案例。

通过以上总结，读者可以全面理解SeqLengthPlot.py的内容、方法和贡献。该工具在生物信息学领域提供了一种有效的解决方案，用于序列长度的分析和可视化。